然而有些卫所既不属于五军都督府，也不属于亲军——既是工部与兵部联合管辖的武功左中右三卫，这是军匠卫所。还有各种陵卫。这些卫所虽然是在京的京卫，但是不属于以上两者。
而在永庆改制后，这些老的制度进行了兼并。
简而言之，五军都督府的战斗职能被取消了——因为大明从卫所制过渡到了营兵制，军队从隶属卫所变成了隶属某某大营。比如顺天的丰台大营，和应天的汤山大营，这两个是驻守南北两京近郊的近卫部队。
而剩下来的卫所，则变成了兵部之下的某种民政机构，主要负责军户的管理和发展。五军都督府就顺势整合成了“军户的户部”。东西南北中五个都督府主要负责建军，并且向固定的大营输送兵员，大营再对这些士兵进行重组，编练成“军”这样的战斗单位。比如应天郊外的汤山大营就有两个军共计12个旅驻扎。
亲军上直二十六卫也整合为了“禁军”这个机构，并且额外将武功左中右三卫和孝陵卫划入了禁军之中，继续保持卫所兵制。
这里也产生了卫所制和营兵制的根本区别——卫所制是只从卫所里征调军户的。而营兵制那边，卫所兵只是兵源的一部分，大营除了接受卫所的兵源之外也广泛地对外进行募兵。在编制上，来自军户士兵服【虎贲役】，其他来源的服【徒卒役】。
禁军便是几乎不对外募兵的封闭式单位——但正因为几乎不对外募兵，所以禁军内部并不区分【虎贲役】和【徒卒役】的待遇，两边都是一样的。
而旗手卫和锦衣卫一样，正是少数对外直接招募人才的禁军。只要进去了就直接获得禁军的军籍，而且可以传代。
第一千五百五十章旗手
商洛摸了摸头：“我是不是一开始就出生在罗马.”
【字面上虽然有歧义，但我知道你的意思——是的，你这个出生点非常好。老商家是禁军中的军匠，你这个起点就是很多人想要奋斗的目标了。】
国子监的旗手社是接受旗手卫直接指导的社团。然而即使是这样，一年也未必能有四五个人进入旗手卫工作，因为旗手卫一年总共就招50个人，50个里面给国子监旗手社匀出来三四个就不错了，一年能进去5个以上就是生源非常好的年份。
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